История авиаперевозчика началась 17 марта 1997 года с постановления губернатора Ямало-Ненецкого автономного округа о создании АО «АТК «Ямал». Уже в июне того же года был получен Сертификат эксплуатанта, позволивший начать выполнение пассажирских и грузовых рейсов. Первые полеты выполнялись на самолетах Як-40 и вертолетах Ми-8, связывая Салехард с Москвой, Тюменью и поселками округа.
К концу 1990-х годов парк воздушных судов значительно расширился. В эксплуатацию поступили самолеты Ан-74, Ту-134 и Ту-154, что позволило не только увеличить частоту рейсов, но и выйти на международный уровень авиаперевозок. Для управления новой техникой в штат были приглашены опытные пилоты, имеющие допуски к полетам на данных типах судов.